Los intereses de investigación de la Dra. Cunliffe se centran en los tipos de daños que sufren los sitios arqueológicos en el Medio Oriente durante épocas de paz y de guerra y en el desarrollo de métodos para identificar y registrar las amenazas mediante imágenes satelitales y medios sociales. Su trabajo se centra básicamente en Siria e Irak. En el marco de su trabajo, estudió las relaciones civiles-militares antes, durante y después del conflicto. La Dra. Cunliffe se unió al Centro de Ética Militar a fin de producir un módulo online para el Comité del Escudo Azul y la protección del patrimonio y bienes culturales.